阴离子交换树脂的化学稳定性要比阳离子交换树脂差，所以阴离子树脂对于氧化剂和高温的抵抗能力较弱。阴离子树脂易受到侵害的部位是分子中的氮，如季铵型的强碱悸阴树脂在受到氧化剂侵蚀时季铵逐渐变为叔铵、仲胺、伯胺，使得碱性减弱，降解为非碱性物质。这就是阴离子交换树脂的氧化变质过程。在此过程中，强碱性交换基团逐渐降解减少，弱碱性交换基团比例增加，阴树脂总的交换基团也在减少。开始时阴离子树脂氧化变质的速度很大，随后逐渐减少，约两年之后，氧化变质速度几乎恒定。为了防止阴树脂氧化变质，在进入阴离子交换塔之前，要尽力将水中氧化剂除去。运行中，要切实控制好水温。有的厂为了提高阴树脂的除硅将再生剂溶液加温，但要注意切不可过高。